第二个近红外窗口(NIR-II)的分子成像提供了深层组织中生物病理事件的高保真可视化。然而，大多数NIR-II探针产生“始终在线”输出，并且对生物标志物的信号特异性较差。我们报道了一系列具有NIR-II窗口(715 - 1188 nm)可调发射可激活探针。这种发射波长的调控依赖于合理的分子工程，通过将苯并[c,d]吲哚，苯并[b]黄嘌呤和噻吩部分整合到传统的半花青素骨架上。特别是，HBC4和HBC5具有1050 nm以上的明亮和记录长的发射，与NIR-I荧光团HC1相比，可以提高组织穿透深度和肠道定位的信噪比。进一步构建可激活炎症报告基因(AIR-PE)，用于pH触发的结肠部位特异性释放。由于最小的背景干扰，口服AIR-PE可以通过实时NIRF-II成像清楚地描绘炎症性肠病(IBD)小鼠模型中的受激肠和评估治疗反应。得益于其高粪便清除率(>90%)，AIR-PE还可以通过体外光学粪便分析检测IBD并评估结肠炎治疗的有效性，优于典型的临床检测，包括粪便隐血检查和组织学检查。因此，这项研究提出了NIR-II分子支架，它不仅适用于开发多用途的可激活探针，用于深部疾病的早期诊断和预后监测，而且还有望用于未来的临床应用。