2,3-萘酞菁双(三己基硅氧基)硅烷，由于含有硅氧基团，2,3-萘酞菁双(三己基硅氧基)硅烷在有机溶剂中具有较好的溶解性和化学稳定性。由于轴向硅氧基团的空间位阻作用，2,3-萘酞菁双(三己基硅氧基)硅烷在780 nm具有非常强的荧光，因此，2,3-萘酞菁双(三己基硅氧基)硅烷在生物医学领域具有潜在的应用前景。
荧光成像
由于其具有荧光性质，2,3-萘酞菁双(三己基硅氧基)硅烷可以被用作生物标记物或荧光探针，在细胞和组织成像、生物分子的跟踪和定位等方面在生物样本的成像和检测中发挥作用。
荧光诊断
这种荧光性质在癌症诊断中，可以利用其荧光性质来辅助肿瘤的定位和分析。
荧光引导手术
在荧光成像的基础上，2,3-萘酞菁双(三己基硅氧基)硅烷可能用于荧光引导手术中，帮助医生在手术过程中更准确地定位和切除病变组织，从而提高手术的准确性和安全性。
药物传递和释放
2,3-萘酞菁双(三己基硅氧基)硅烷作为药物载体，利用其结构的特殊性质，将药物通过化学修饰或物理吸附等方式载入其中，并利用其荧光性质进行跟踪和监控，实现药物的靶向传递和控制释放。
生物传感器
2,3-萘酞菁双(三己基硅氧基)硅烷可以用于构建生物传感器，用于检测生物标志物、环境污染物等，并通过其荧光性质来实现信号的检测和传输。